すでに試しているでしょうが
ESC＋9＋HELPを押しながら電源投入とSHIFT＋GRPHを押しながら電源投入で
本体側の設定類を一度リセットしてみてください。

あんまりうれしくは無い話なのですが
保存している設定の一部が化けてしまっていて
通常の手では直らなくなっている場合には、これらが有効です。


すでに確認されているかと思いますが
Ra43だと、XcやXa/Wと同じで
システムセットアップメニューにI/Oロックの項目があるので
そちらの設定でロックすると使用できなくなったような気がします。


MATE-X PCMは、使用しないの設定ならリソースが開放されるはずなので
挙動としてはちょっと怪しいですね。

Ra43のWinモデルであればオンボードPCMのPnP情報は本体BIOS側に搭載されていますので
物理的に音源ボードを抜いても強制認識されて、デバイスマネージャに（！）が付くだけだと思いますよ。

既にご指摘のあるスーパーリセットなどでPnPが正常動作していれば
デバイスマネージャとシステムセットアップメニューが連動可能だったはずですので、
内蔵PCMを「使用しない」にしていればデバイスマネージャで（×）になると思いますが、
それ以上切り放すことはできないと思います。

Ra43がDOSモデルの場合はその限りではありませんが。

一時的に2ndCCUを停止して非PnPのCバスボードを使ったのでしたら、
そのときにデハイスマネージャとの連動機能が働いて、
PCIセットアップにおけるINT1が自動でCバス(非PnP)用に予約されてしまい、
（もしくは以前使用していたCバスPnPボードがINT1を使用した設定）
が開放されずに残っている（ボードを抜いただけでは開放されない場合がある）ことにより、
PnPでINT1を使用する2ndCCUが動作しなくなったというシナリオが考えられます。
もしPCIセットアップディスクをお持ちであれば、
スーパーリセットする前にCバスボードの設定を確認されると参考になるかもしれません。

　ありがとうございます。結果的に、教えていただいた方法で使用することができるようになりました。

　Ra43は近くの工場から譲受けた物で、本体と画面のみでした。現役時代を見る限りMS-DOSモデルだったと思うのですが、型番が分らないため詳細は不明です。PCIセットアップディスクはオークションを探すしかありませんかね？（さすがに専門店のは高いので）
　ご指摘のスーパーリセットは試してみたのですが、一度だけ使えて再起動するとまた×がついている状態になるのです。
　システムセットアップメニューのロックはしていませんでした。

　そこで、スーパーリセットをして起動した後、まずデバイスマネージャで第二通信ポートを有効にし、（普通に再起動するとまた無効になっているので）再起動せずにシャットダウン、そこにスーパーリセットをおこなった上でWindowsを起動してみました。すると、それ以降問題なく使えるようになりました。
　MATE-X PCMは×以上はやはりできないのですね。

解決されたようで何よりです。
型番についてはK.Takata氏のDET98でWinモデルかDOSモデルかの判定が出たと思います。
私はRaのDOS/NTモデルはいじったことが無いのですが、少なくともWinモデル(/M,W)の判定は出ました。

それと個体差はあるかもしれませんが、Celeron500MHzというのも
マザーの仕様（Mendocinoで433MHzまで）を超えていて少々心配ではあります。

533MHz版が不安定なのはよく知られていますが、人によっては500MHzですら少々不安定という意見もありましたので、それが不安定要因になっている可能性もあります。
特に長年使う予定でないなら大丈夫かもしれませんが、それなりにPCの寿命は縮めているとは思います。

高クロックが必要な場合はVRMを搭載したCPU下駄を使うほうが安全らしいですが、
その場合でもうちのRa40はPen3で733MHz運用していたら3年後くらいから徐々に不安定になっていきました。
その後もしばらくは騙し騙し使っていましたが、CPUを低速にすると安定するようでしたので
ここ数年は不安定になるたびに低倍率の河童に交換(T-T)しており、目下333MHzまで下がっています。
そこまでして長くメイン機に使う人もそうそういないとは思いますが、一応ご参考まで。