ズレが遅れならマザーのボタン電池が切れかけているのかも。
後考えられる対処法としてはCMOSクリア、マザーのBIOSを最新の物に更新などでしょうか。

長いこと稼動させてないマシンでも、結構あってることが多くて感心することの方が多いですね。
OCしてると変になりやすいマザーはありましたけど。
Win95/NT4時代からあるツールですが、桜時計が便利です。
XPでも問題なく動いてます。

ラックからやっとこさ引っ張り出して電池交換してみました。外した電池も3Vあったので、やっぱりダメかなぁと思ったものの、１時間で1秒程度にマシになったかも....

ただ、電池を抜いたので、biosが初期化されたため、再設定して起動してみるとメモリーチェックの後で止まるようになってしまい大汗でした。　シリアルポートをdisableにすると起動しないマザーってどうなのよ..壊れてるのかな(^^;)

なんだか余計なことを言ってしまったようで・・・、すいません。

すいませんだなんて、こちらこそすいません。
全然そんなつもりじゃないですし、全然余計なことぢゃないです。
電池確認なんて基本的なこと忘れてましたし、
実はその後友人にも指摘されてまして(^^;)

結局他のマザーに代えてしまいました。
gigabyte→asusになってしまいましたけど、同じP45系なのでHDD
つなぎ替えてそのまま動いてます。

さすがに１時間で１秒はずれないですね。
やっぱりどこかおかしかったのかも。

ソフトの側はどうだったんでしょ。

相反する機能を有効にしていたとか。
例）Dynamic Energy Saver　と　EasyTune　等

2008serverR2のデバイスマネージャーで不明デバイスが出ないようにドライバー類を入れていただけで、そのあたりのソフトはインストールしてないですね。TVROCKで録画終了後にエンコードさせたりしてるので、負荷は時間帯によっては変動していたりするとは思いますけど、そのくらいで時計ずれたししませんよねぇ。

じゃあ、後出来る事はBIOSではないかなと。

チップセット側にDPC latencyの問題があったので
環境によっては時計遅延等が出たり出なかったりする筈なので。

対策BIOSが一応有るんじゃないかと思います。
無ければサポートに問い合わせて対策BIOSのβ版が無いか聞くしか無いと思います。

DPC latencyの問題なんて問題あったんですね。実は初めて知りました。そのうちトラブルの出たGigabyteのマザーを検証してみないといけませんねぇ。　BIOSは最新のBETA入れてたので、ひょっとして古いのにした方がマシになったかもですなぁ。
勉強になりました。　*(. .)*