HDDはNTFSでフォーマットされているものと思いますが
LinuxのLiveCDから起動して、Dドライブのbootmgrを適当な名前にリネームしてみてはいかがでしょうか。

LiveCDですが、最近のものであれば、NTFSの書き込みに対応しているはずですが
どれが対応しているのか忘れてしまいましたので、すみませんが調べてください。（汗

今、EasyBCDを使ってブートマネージャの中身を見てみました。

Windows Boot Manager
--------------------
identifier {9dea862c-5cdd-4e70-acc1-f32b344d4795}
device partition=D:←ここがC:にならないといけない
description Windows Boot Manager
locale ja-JP
inherit {7ea2e1ac-2e61-4728-aaa3-896d9d0a9f0e}
default {0b9e601a-b1df-11df-b172-bfb7bbc3b773}
resumeobject {0b9e601b-b1df-11df-b172-bfb7bbc3b773}
displayorder {0b9e601a-b1df-11df-b172-bfb7bbc3b773}
toolsdisplayorder {b2721d73-1db4-4c62-bf78-c548a880142d}
timeout 30
resume No
custom:45000001 1

Windows Boot Loader
-------------------
identifier {0b9e601a-b1df-11df-b172-bfb7bbc3b773}
device partition=C:
path \Windows\system32\winload.exe
description Microsoft Windows Vista
locale ja-JP
inherit {6efb52bf-1766-41db-a6b3-0ee5eff72bd7}
osdevice partition=C:
systemroot \Windows
resumeobject {0b9e601b-b1df-11df-b172-bfb7bbc3b773}
nx OptIn
custom:42000002 \system32\winload.exe
custom:45000001 2
custom:47000005 301989892
3

どうやら最初のところで何かミスった様な気がします。
このままだと安易にD:ドライブのほうのbootmgrを消すことが出来そうにないです。

あぁ訳が分からない・・・

bcdeditコマンドでパスは変更できました。
unlockerを使ってファイルも削除できました。

・・・Windows自体が起動しなくなりましたorz

仕方ないので再インストールを今やってます。これで上手くいけば良いんですけどね・・・

これやってていつも思うんですが、インストール先が複数ある場合には、HDDの一覧が出ますよね？
このドライブの順番がいつ見ても変だなって思うんですよ。
BIOSで出てくるデバイスの順番とは全く関係なさそうだし。
ボリューム名をD〜Gの順にRESERVED1〜4にしてるんです。
マザーに接続している順番もそうしてますし、BIOSでもその順で出てきます。
なのにWindowsインストール先の表示では、一番先に接続しているHDDが何故か4番目辺りに出てくるんですよね。
どういう仕様になっているのか・・・全くの謎です。

ええと、完全にどツボってますorz
インストール先のHDD以外全部外した状態でインストールを試みてみました。
一応インストールは成功したんですが、別のデータドライブを接続して再起動したら元の木阿弥に・・・
今までbootmgrが残っていたHDDは外したままですが、今度は別のドライブにbootmgrが生成されてしまいました。
で、今度はそのドライブがシステムボリュームになってドライブレター変更不能・・・
何でこうなるのかが全く理解できません。
今までこんなアホな状況になった経験が無く、まったく何をどうすればいいのか途方に暮れてます・・・

マザーボードのbiosの設定で
1stbootをインストール先のHDDにしてみるとか・・・。

NT系のOSの起動ファイル類（bootmgrとか）は、その時点でのアクティブパーテションにインストールされる仕様だったんじゃないかと。

XPだとNTLDR等のBOOTファイル群の引っ越しって比較的簡単にできるんですけど、EFIなVISTAや7はやったことないですねぇ。出来そうな気はするんですが...

ドライブレターの割り当て順はこのあたりが参考になるかと
http://nobumasa-web.hp.infoseek.co.jp/partition/drive_letter/drive_letter.html
最近のOSのインストールの際は、多少事情が違うという話も聞きますけど（私も正確には把握できてないです）、この仕様を多分に引きずっているハズです。


余談ですが...

私の場合は、この仕様を利用して、複数のＯＳをインストールする際は、
１.インストール前にあらかじめ領域を作製（基本領域で指定）
２.そこをアクティブに指定して再起動
３.ＣＤブートしてインストール
のようにとしてます。

起動ＯＳの切り替えは
MBM http://elm-chan.org/fsw/mbm/mbm.html
を使ってます。

こうすると、複数ドライブがあってもＣＤブートしたインストーラーからは、アクティブに指定した空のパーテションがＣドライブとして認識され、そこにbootmgr等も入ります。

ので、他のパーテションをいじるのに制限は特に無いはずです。
私の場合は、他のＯＳのドライブレターは全部削除して、共用のデータドライブだけ見えるようにして使ってます。boot関連のファイルも、各パーテションにそれぞれのＯＳのものが入りますから、１番目のパーテションをフォーマットして再インストールとかしても、他のパーテションは影響を受けず起動不能になったりしないので、私は使い勝手良いんじゃないかと思ってます。

OSインストール用以外にプライマリパーティション（基本パーティションでしたっけ？）が
他のロジカルドライブ、もしくはブートドライブにありませんか？
または論理パーティション等々

残念ながらその症状は見たコトも聞いたコトも無かったので軽くググってみたのですが
パーティションの混在に何かしら問題があるように思えます

ええと、一応原因らしきものが掴めました・・・様な気がします(ぉぃ

マザーボードのシルク印刷、及び附属マニュアルの記述と実際の順番が異なっているようです。

http://images.hardwarecanucks.com/image/mac/reviews/gigabyte/EP45DQ6/layoutfinal3.jpg
私のマザーはこのGA-EP45-DQ6なんですが、マザー右下部分にSATAのコネクタがあります。
一番上のマザーに対して二段重ねに横向きになっているコネクタの内、基板に近い方がSATA2-0で、遠い方がSATA2-1となっています。
その下に横並びになっているコネクタは、基板外側がSATA2-1、内側がSATA2-2となっています。
これは基板の印刷もマニュアルでの記載も一致しているのです。

ところが、実際にはSATA2-1とSATA2-2のBIOSでの認識順位が逆になっているんです。
私は今までSATA2-0に光学系ドライブ、SATA2-1に起動用HDD、SATA2-2以降にデータ用HDDを接続していました。
BIOSでの認識も起動用HDDの前にデータ用HDDが来ているような状態でした。
これで実際に今までインストールを何回もやってきて特に不都合は発生してこなかったので、敢えて弄ったりはしませんでした。
ところが今回、先に来ているHDDにbootmgrが作られるにあたり、この部分を実際の順番に直してみることにしました。
試しに2-1と2-2を入れ替えて接続してみたところ、BIOSでの認識順序がきちんと意図する順番になったのです。
この状態でVistaのインストールDVDを光学系ドライブに挿入してDVDから再起動し、インストールを試みてみました。
この時インストール用HDD以外にもデータ用HDD1/HDD2を接続していましたが、インストール先選択もきちんと順番に表示されました。
そのままディスク0を初期化後にクリーンインストールしたところ、bootmgrがDドライブに出来るような事態は起きませんでした。
データ用HDD1/2に割り当てられたドライブレターも管理ツールにて変更することも可能でした。

何とかこの現象は回避できたのですが、謎は依然残されたままです。
今までこの構成で何回もインストールを繰り返してきていますが、この様な現象は全くの初体験です。
敢えて心当たりを探るとなると、ケースを新調した時に依然と違う順番にしてしまった可能性があります。
HDDそのものを順番に並べてケースにもそのままの順番で組み付けたつもりだったのですが・・・
私の勘違いで順番を狂わせてしまっていたのかも知れません。

>NT系のOSの起動ファイル類（bootmgrとか）は、その時点でのアクティブパーテションにインストールされる仕様だったんじゃないかと。
恐らくこの現象に該当するのではないかと思われます。
最初にシステムボリュームに割り当てられたHDDがSATA2-4に接続していたドライブなのが若干変と言えば変ですが。

>OSインストール用以外にプライマリパーティション（基本パーティションでしたっけ？）が
>他のロジカルドライブ、もしくはブートドライブにありませんか？
>または論理パーティション等々

特に複雑なことはしてないと思うんですよ。
今入れてるHDDに関しては、普通にWindows上のフォーマットツールでNTFSフォーマットしただけです。
インストール時にCドライブのみ領域削除->領域確保->フォーマット後にインストールをやってます。
この手順は基本的にずっと変わりなくやっています。

私はマルチブート環境を構成した事が全く無いので、その辺はごく普通の手順だと思うんですが・・・

上でBIOSの認識順序が違ってたからではないか、と書いているのもその位しか思い当たることが無いという推測でしかないんです。

解決したようですが、私はzafさんと同じようにしてOSのインストールをしています。
ちなみにブートマネージャは、使い方が簡単なのでGAGを使用しています。
ttp://gag.sourceforge.net/

>私のマザーはこのGA-EP45-DQ6なんですが、

LAN４発のマザーっすね

>ところが、実際にはSATA2-1とSATA2-2のBIOSでの認識順位が逆になっているんです。

　INTEL のRAIDかAHCI BIOS上は物理コネクタ通りに表示されるけど、OSのインストーラー等がDISK BIOS経由で見える順番って BIOS設定で順番変更できませんでしたっけ？

　今試してみたのはASUS P5B-Eですけど、BIOSでHDDの起動順位入れ替えると、MBM(ブートメニュー）から見えるHDDの順番も入れ替わりました。


　で、接続順が入れ替わっていたとすると..

　BIOS上で起動順位が１番目の物理ドライブ内のパーテションがどれもアクティブじゃなくて、他の物理ドライブにアクティブパーテションがあるという状態になりますよね。

　この状態でＯＳをインストールすると、BIOSから見て起動順位が１番目の物理ドライブにマスターブートレコードが書き込まれ、元々BIOSから見て起動順位が１番目で今は２番目になっているアクティブパーテションのある物理ドライブにBOOTMGRやらNTLDRが書き込まれたのではないでしょうか？

>INTEL のRAIDかAHCI BIOS上は物理コネクタ通りに表示されるけど、
>OSのインストーラー等がDISK BIOS経由で見える順番って BIOS設定で順番変更できませんでしたっけ？

書き方がよろしくなかったみたいです。
上で「認識順位」と書いているのは「Standard CMOS Fetures」でマスターだのスレーブだのと表示されるデバイス順序の事なんですよ。
ここで2-1と2-2が入れ替わってしまっているんです。

boot sequenceでの設定は1.光学系ドライブ、2.HDD(起動用)だけで、それ以降はDisabledにしています。

つまり、BIOSの認識順序では起動順位第二位のドライブより前に一台データ用のHDDが来ていることになります。

>この状態でＯＳをインストールすると、BIOSから見て起動順位が１番目の物理ドライブにマスターブートレコードが書き込まれ、
>元々BIOSから見て起動順位が１番目で今は２番目になっているアクティブパーテションのある物理ドライブにBOOTMGRやらNTLDRが書き込まれたのではないでしょうか？

事象を整理してみる限り、この状況に陥った可能性が高そうな気がしますね。

【トラブル勃発時】
BIOSでの認識状態
Channel0 Master　光学系ドライブ（ＯＤＤ）
Channel0 Slave　データ用HDD（ディスクＢ）　←本来ここに起動用HDDが来なくてはならない
Channel1 Master　起動用HDD（ディスクＡ）　←何故かこっちに来ている
Channel1 Slave　データ用HDD（ディスクＣ）　
Channel2 Master
Channel3 Master　(以下省略)
Channel4 Master
Channel4 Slave

この時点で既にチャネル0スレーブとチャネル1マスターが入れ替わってます。

Boot Sequenceの設定は
1.ＯＤＤ
2.起動用HDD（ディスクＡ）
3.〜以下はDisabledにしている

この状態でインストールをしたところ、ディスクＢにbootmgrが作成されてしまいました。
インストール時に出てくるインストール先一覧の順番も滅茶苦茶でした。
(ここ、スクリーンショット撮影しておけば良かったです)

【対策実施後】
2-1と2-2のコネクタを入れ替えて接続しました。
BIOSでの認識状態
Channel0 Master　光学系ドライブ（ＯＤＤ）
Channel0 Slave　起動用HDD（ディスクＡ）
Channel1 Master　データ用HDD（ディスクＢ）
Channel1 Slave　データ用HDD（ディスクＣ）　
Channel2 Master
Channel3 Master　(以下省略)
Channel4 Master
Channel4 Slave

この状態でインストールは普通に行え、インストール先一覧の順番も意図した通りの順番でした。
文字だけで説明するのは余り得意ではないのですが、この様な感じでした。

大きなお世話かもしれませんが・・・・
Gigaのintelチップセット製品（3x系以降）は確か偶数がマスター
奇数がスレーブになるかと思います。

ただし、BIOSのHDD Boot Priorityで認識順序の変更は可能ですが。
ですので、標準状態で使うのであればOS用の最優先するドライブをSATA2_0（0 Master）に装着。
光学ドライブをSATA2_1（0 Slave）に装着。
データー用HDDはそれ（SATA2_2）以降にするのが良いかと。

>ですので、標準状態で使うのであればOS用の最優先するドライブをSATA2_0（0 Master）に装着。
>光学ドライブをSATA2_1（0 Slave）に装着。

光学系ドライブを先にするんじゃないんですか？
今までずっとそうしていたもんで、そこら辺は全然考えてませんでした。

SATAはマスターもスレーブも（慣例的な呼び名として以外には）無いんじゃなかったでしたっけ
昔は光学ドライブをマスターに付けないと云々とか、その下にHDDぶら下げたら認識が云々とかありましたけど
現在SSD含めて全てSATAで6台ぶらさげてますが、6台目は光学ドライブ（BDR-S05J-BK）ですね

＃ATAPIなDVDドライブ撤去のおかげでHDD一台外すハメにorz

>現在SSD含めて全てSATAで6台ぶらさげてますが、6台目は光学ドライブ（BDR-S05J-BK）ですね

IDE時代はそうやってましたから、いささか古い考え方でもあるわけですか。

>＃ATAPIなDVDドライブ撤去のおかげでHDD一台外すハメにorz
同じ経験してます(笑

SATAにはマスターもスレーブもありませんが
過去資産との互換性確保のため、BIOSでの認識には便宜上マスターやスレーブがあります。
と言っても互換性を考慮する必要があるIDE互換モード時のみですが。
RAIDやAHCI時は別です。

> 光学系ドライブを先にするんじゃないんですか？
以前と違ってどこにつけなければいけないと言う制限はありません。
（いざとなればAdvanced BIOS FuturesのHDD Boot Priorityで設定変更できる為。）
ただ、真っ先に認識されるポートがチップセット側のSATA0なので分かりやすいのです。

ちなみに、ご存知JMicronベースのGSATA/IDEチップはOS入れる時はOS標準ドライバーですが、ドライバーディスクを
そのままインストールすると専用ドライバーに置き換わるのでトラブルに巻き込まれる場合があります。
具体的にはOS標準のCD/DVD書き込み等が動作しない、一部ライティングソフトがドライブを認識しない/書き込み出来ない等。
解決策は光学ドライブをSATA（IDE互換モード限定）化する、OS標準ドライバーのままにする。

正直、ICH8以降は色々変わりすぎて先入観で設定や設置をするとハマリます。

そうなんですか・・・
正直最近のチップセットやシステム構成なんかにぜんぜん詳しくないので・・・
合う奴を合うように入れてただけで、何も考えてませんでした。

845時代から知識が余り進化してません・・・