北関東と奈良ですか。
新幹線回数券は停車駅間相互の乗車券込なので、外れる部分は別途乗車券必要ですね。
東海道新幹線だと、乗車券部分が東京都区内〜京都市内とか東京都区内〜大阪市内という感じです。
金券ショップで売っているものも、基本、新幹線回数券をばら売りですから同様ですよ。

経路・距離にも拠りますが、前後の区間の乗車券を別途買う場合、高くなることは十分考えられますね。

いろいろと制約がありますがJR東海ツアーズの
ぷらっとこだまが東京・京都間が乗車券込みで片道9,800円
日帰りでよければ1day京都がのぞみ利用可で往復19,800円（3,000円分のクーポン付き）
正規料金が13,220円ですので往復割引より安くなる可能性はあります

http://www.kakuyasubus.jp/kanto_kansai/tokaido/index.html
時間に余裕があるなら東海道昼特急って手もありますよ。
夜行バスと違って日中移動で途中3箇所SAで休憩がありますし、片道\6000です(早割なら\5000)。
行きは新幹線、帰りはバス(または逆)ってのもいいんじゃないでしょうか。
18きっぷのないシーズン(GWとか)愛用してます。

新幹線区間だけですが、こだまより速く着きたいと言うことであれば、「ひかり早特きっぷ」も有ります。
http://www.jreast.co.jp/tickets/info.aspx?cmb_startpre=13&cmb_placearea=9&cmb_placepre=0&txt_year=&txt_month=&txt_day=&mode=area&SearchFlag=0&serchBtn1.x=23&serchBtn1.y=13&pc=2&GoodsCd=1353
ひかり限定で乗車日の一週間前までの購入などの制約はありますが、東京都区内〜京都市内が乗車券込で片道11,500円です。

「ぷらっとこだま」や「ひかり早特」はわたしもよく利用しますが、質問の新幹線以外の部分(市内/都区内以外に行く場合)の料金を加算した場合割安になるかどうか微妙だったんで……

# 某お祭りから帰ってくる時は「ぷらっとこだまG」しか利用しなかったり。(苦笑)

みなさん、コメントありがとうございます。参考に計算してみました。

近所のホームセンターのチケット屋に行って回数券ばら売り見てきましたけど、乗車券が分割になってしまうので、結局往復割引を効かせた方が安いみたいですね。東京へ往復なんかの時はよさげなのですけどねぇ。自由席を使う場合とかも考えるとメリットあまりなさそうです。

ぶらっとこだま　確かに安いですね。ただ高崎では買えない..ネットで買うなら５日前までに予約して有料で送ってもらうか乗車３０分前に東京駅のカウンターで受け取るしかないというのがネックかなぁ。

バスは後輩にも勧められました。プレミアムドリーム号のプレミアムシート良いですよ〜って(^^;)　乗ってみたいけど、これって予約が瞬殺じゃなかったでしたっけ。ってバス使うなら奈良行きの直行夜行バス乗ればええと言われそうですね（大汗　あとは時間が取れるかどうかかぁ。ま一度乗ってみねば。

ひかり早得は..通常の往復割りに指定を組み合わせると少し安くなるんですけど、東京から京都は、始発からなので自由席でとすると、高くなるみたいです。

結局、今回はレンタカー借りるので、乗車券２割引、特急券１割引なレール＆レンタカーが安かろうか？と思いそれで申し込んだのですが、駅レンタカーってちょっと高めですね。レール＆レンタカーで買うと電車は割引有るけど、レンタカーは割引ないやん（ＷＥＢで予約するとレンタカー１割引）。

よせばいいのに、いつも使ってるORIXのWEBを見てみると、うげげげ、キャンペーンやってる。計算してみたら（やめときゃ良いのに）、普通に往復割引で奈良まで来てORIXで借りた方が安いヤン　orz　知らなければ損した気分にならなかったのに残念〜