IEEE1394接続のHDDは、いまいち信頼できないところがあります。
I/Fボードは何を使っていらっしゃいますか？
私の場合、PC-9821Xt/C10Wを引退させるときに、IEEE1394接続のBuffalo製外付けHDDにデータをバックアップさせたのですが、負荷をあげるとHDDからの応答が無くなり、書き込みエラーが頻発するという事象が発生しました。負荷をかけたといっても、内蔵した4GBのSCSI-HDDから200MBのMPEG4動画データをコピーしただけなのですが・・・。
そのBuffalo製外付けHDDはAT互換機からUSB接続で正常に動作しているものです。おかしいと思い、AT互換機からIEEE1394接続したら、同じ現象が発生しました。Buffaloのサポートに問い合わせたら、USB接続で正常に動作しているのであれば、Windows側のIEEE1394用クラスドライバの不具合によるものなので、申し訳ないがUSB接続で使用してくれとの返答でした。ネットを見ると、確かに正常に使っている方も多いのですが、他社の製品を使っている方でも、私のところのイベントログにに出ていた同じメッセージが出て、データを失われた方が多数いるようでした。一応、XPの場合には、有償のパッチが提供可能なことがMSのHPに掲載されていました。（SP3に取り込まれているかどうかは不明。）
（また、当時の機器は既に廃棄しているので、詳細な再確認は不可能です。）

ある意味、WindowsでIEEE1394I/F経由でHDDにアクセスすること自体が冒険ではないかと思えてなりません。もっとも、安定して動作しているのであれば、余計なお世話ですね。(^_^;)

我が家のRvIIやRaは、逆にUSBなHDDを使っていると不調で、1394は調子良かったんですよね。なので、Oさんとは全く逆の印象を持ってました。最近のXPなAT機で使っている限りUSBでも別段問題はないんですけどね(^^;)

PC-9821Rv20改333×2に、
●オンボードSCSI→IDE変換して、30GB内蔵
●1394→IDE変換して、250GB×2内蔵＋250GB×3外付け
●USB2.0→IDE変換して、250GB×2＋300GB外付け
で動いていますが何か？ 内蔵530GB＋外付け1.55TBですが何か？(ToT)

250GBが容量あたり単価最安だったころに大量に買い込んでしまって、
一線を引退してからぜーんぶ9821Rv20に繋いじゃった結果、こんなことに…

>Oさん
　うちでは、外付けではIEEE1394が一番安定しています。
　I/Fボードは、うちのページにありますとおりIFC-PCI7U2です。
　先ほど、mpegファイルを54GBほど送り込みましたが、３時間ほどかけて問題なく送り込めました。
　時々失敗することもありますが、0さんの事象のようにひどくはならないです。
　逆にUSBは(特にUSB2)は使用しない方が、PCへの負荷が少なくなるようです。
　うちでは未だにXtが最後の砦なので、今暫く頑張ってもらいます。

>zafさん
　同感です。うちはPCG-GT1を買って以降、外部ドライブはIEEE1394で接続するようにしています。

>ペンチアムさん
　うちにも98用に32GBのHDDの在庫が・・・(しかも未開封・・・)。
　ちなみに、1TBのHDDはXtに内蔵しました。でも、ShuttleのSB61G2をVista化するために早速転用予定。(T0T)
Xtには500GBのHDDを入れます。それでも500倍ですねぇ。

今更ですが、何かいっぱい繋がっていることに気付きました。

PC-9821RvIIに、
- CHANPON3 32GB + 400GB(IDE変換) 内蔵
- SATA2EI3-LPPCI 400GB*2 + 1TB*2 外付け

以前試した時に
USB も IEEE1394 もブリッジ挿んだ場合にデータ化けが起きたので、それ以来試していません。

沢山繋がっていますね。
NAS代わりに使っているのですか。
うちでは、幸いにしてデータ化けは起きていません。

意外にeSATAって普及していないんでしょうか?
私もデータバックアップ時にしか繋いでいませんけど、
USBやIEEE1394よりは信頼できそう(?)なのと、
BIOS次第ではPC-98フォーマットがそのまま使えるので重宝しています。

本題のHDDの容量ですが、本体にはSCSIで4〜18GB程度が最大4、5台程度、
NASは40GBx2、前述のバックアップ用は最大で160GB程度です。
こちらはIDEなのでSATA変換して繋ぎます。
# そういえばHDDはSATA接続タイプって持っていない・・・。

> USB も IEEE1394 もブリッジ挿んだ場合にデータ化けが
やはりそういう場合もあるんですか。
私も以前は溝Ra(P3-1.1G@733MHz)でCHANPON3のUSB2.0経由で
バックアップを取っていたんですが、やたらと不安定でした。
今は念のためEHCIを無効にしています。
# USB自体はマウスで必ず使うので・・・。

>USB も IEEE1394 もブリッジ挿んだ場合にデータ化けが
PCIブリッジを使ったものについては、まともに使えるものの方が少ないんじゃないのかな？　AT互換機で1394US2G-PCIを一時期使っていましたが、あまりに不安定だったので、PCIブリッジを使用していない単機能ボードを買いなおした記憶があります。

ちなみに、上記でPC-9821Xt/C10Wに接続したのは、IFC-ILP3でした。

>意外にeSATAって普及していないんでしょうか?
　最近はeSATA接続可能な外付けHDDをSHOPではあまり見かけなくなりましたね。自作キットならそれなりに見かけますが・・・。ブームが去りかけているのかな？
　PCではありませんが、PS3の内臓HDDを外して、1TBの外付けHDD（RAID5なので実容量は0.7TB）をeSATA接続して、快適に動作しています。普通に使っていると分かりませんが、Linuxを起動すると、USB接続との性能の差が実感できます。

便乗ですみませんが…
http://buffalo.jp/products/catalog/item/i/ifc-pci7iu2/
http://buffalo.jp/products/catalog/item/i/ifc-pci6gliu2/ （1個はパルストランス？）
↑これらにはブリッジが見当たらないようですけど（1機能＝1チップとすると）
ボード上に2個以上チップがある場合はブリッジを付けませんでしたっけ？

ボード上に2個以上のコントローラを載せる場合は、通常PCI-PCIブリッジを使用すると思います。
しかし、1つのコントローラは複数の機能を持つことができることになってます。(マルチファンクション)
# 身近なところだと、OHCI と EHCI なんかもマルチファンクションで1コントローラに実装されていることが多いと思います。
なので、複数のチップでも一つのコントローラとして振る舞えば、PCI-PCIブリッジは必要ないです。
このようなボードは有名どころだと、PCI7ESAU2(USB + SATA)あたりがそうなっていたと思います。

と、偉そうに買いてみましたが、(しかも記憶だけで書いているので間違っているかも)
肝心のリンク先の奴がどうなっているのか知りません。どうなっているんですかねぇ。

>複数のチップでも一つのコントローラとして振る舞えば
そういう事でしたか。チップを駆動する負荷が影響するのかと思ってました。

　IFC-PCI7U2をどるこむで紹介頂いた時には、ブリッジチップがないとの話でした。
　Xt初代は、ブリッジチップがあると動かないので、間違いないと思います。

Marume様の解説で、おそらくあっているはずです。＞PCIのマルチファンクション

ただ、PC-9821の場合は、PCI BIOSに問題があって
デバイス構成によってはリソースが割り振られないという問題があるそうです。
＃情報ソース：　ttp://hp.vector.co.jp/authors/VA012947/usb5_esata_pci.html

情報が不足していて誤解を招いてしまうような記述になっているのに気付きましたので、補足しておきます。

> USB も IEEE1394 もブリッジ挿んだ場合にデータ化けが
RvII26での HiNTブリッジ＋ USB2.0 or IEEE1394 については
既にまりもさんにより改善策が示され、chacha に実装されています。
(Memory Write and Invalidate 問題)
以前に私が試した時は正にこの条件に該当する環境で、対策が施されていませんでした。
ですので、対策済みの現状でデータ化けが発生するかどうかはわかっていません。

そういえば、手元の外付けケースはATA⇔IEEE/USBのチップの初期ファームウエアがダメだったのか、
サイズの大きいファイルになると途端に壊れまくりになってました。
ファームウエアのアップデートで解消されましたが、たしかPL-3507ってチップだったと思います。