ネットオークションでCDつきの本体ごと探すしかないかと。

NECのサポート窓口で問い合わせると、この手のFDのコピーを有償で入手できませんでしたっけ？

＃自分は使ったことがありませんが。

いっそのことWindowsXPや2000を入れてしまうとか。

ここにアクセスできるということは、使えるパソコンはVM30の1台だけじゃないんですよね。
そのパソコンで起動ディスクを作るとか。

年代的にセットアップFDなんか初めからないのではないかと思ったり。

システムインストールディスクというのは，添付のバックアップCD-ROMと組み合わせて工場出荷時状態に戻すのに使います。
＃この機種ではWindows98のCD-ROMはついてきません。

わたしもYUさんと同意見で，無理してアプリケーションがてんこ盛りの初期状態に戻すのではなく，Windows2000を入れてしまった方が幸せになれると思います。

違う選択肢として、
機種にこだわらず、
ネットオークションでOSつきの本体ごと
購入するのが良いのではないかと

いまさらpenII-300クラスを無理に使い続ける必要は無いのではないでしょうか?
win2Kとか入れると、メモリ（たぶんHDも）容量を増やさないと幸せにはなれないと思います。