非常に固い材質なので、たった1年でヘッドが摩耗することは、まず考えられません。
傷の原因はヘッドの表面に付着したゴミの可能性の方が高いです。

フロッピーの枚数が多いようでしたら、4倍速のUSBドライブがおすすめです。値段に見合った性能がちゃんと出ます。
ちなみに、発熱が多くて強力な空冷ファンを搭載したAT互換機は、非常にホコリが入り込みやすいです。FDDやCDなどのドライブ類も、フロントパネルのわずかな隙間からどんどんゴミを吸い込みます。
そういう意味でも内蔵ドライブは避けた方が賢明です。

ん〜と、探しているのは FDD（ドライブ）では無くて、FD（メディア）でしょうか？
ドライブでしたら、YU さんがお勧めしている通り、４倍速の USBドライブが良いでしょう。
FORMAT とかもあっという間に終わります。
逆にメディアと言うことでしたら、今使用しているメーカー（ブランド）を教えて下さい。
既に使用している物、或いは駄目だと判断している物をお勧めする事になってしまう可能性があります。

# 昔、PC-98 が全盛だった頃はノーブランドの白箱物50枚パックが
# 有ったんでそれを使用していたなぁ・・・

正直なところ、フロッピーディスクなんて、そのように信用ならないんで、今やほとんど使ってません。
フロッピーを使わなくて済むようにするのが一番だと思いますよ。

>PC-9801からDOS/V機へデータを移動させるのに使用しております。
たとえば、ＬＡＮで繋ぐとか、ＭＯ、ＤＶＤ−ＲＡＭ、コンパクトフラッシュ等のメモリーカードなど、もっと容量が大きくて、高速で、信頼性も高い方法がいくらでもありますから。

FDで信用ならないと言えば、かつてSuperDiskで通常のFD（2HD）を24MBにして書き込むという技術がありましたが、
今となっては、アレ、どの程度が読めるんでしょうか。ちょい気になります。

＃そういえば120MB SuperDiskを6枚ほど持ってたな。データ読めるだろうか…

＞正直なところ、フロッピーディスクなんて、そのように信用ならないんで、今やほとんど使ってません。

私もＦＤは使いませんね。
肝心な時に読めなくなりやがるから・・・（汗

もっぱら、ＣＤ−Ｒの使い捨てか、ＲＷですね。（仕事でつかってるＰＣがＮＴなので、ＵＳＢメモリーが使えないので・・・）

9801だから大変なんでしょうね
たぶんDOSですよね
NTサーバー持っている方ならDOSでLANを組む為のツールがあると思いますけどそうでないとさらに大変そうです。
232C経由でいくか（これも大変時間がかかりますよね）、現行品ならSCSIのMOを手に入れて行くしかないのでしょうね。２３０や場合によってはジャンクで６４０が捨て値で売られている場合もありまし、誰か身近死蔵している方がおられると思います。そういうのを選ぶ方がいいと思います。
FDDについてはFDを入れっぱなしにするわけでもないと思いますので、AT機のFDDについては交換した方がいいと思います。
（VM2にグロリアの外付けドライブつけてそこに辞書ディスク（2HDなノーブランド2DD）とか入れっぱなしにして使っていたけど大丈夫だったのにね〜造りの問題なのでしょうか？もっとも使わないときは止まってくれたのかな？ど忘れ）

機械の制御に使っているため、簡単に交換とはいかないんですよ〜。
プログラムわかる人もいないし、PC交換してまともに動くのか？
本体がPC-9801Eなんで、使えるSCSIボードも無いし、MOに移行も難しいとおもわれ。
とりあえず、FDD壊れたら8インチドライブに戻します。
なぜか8インチメディアはいっぱい在庫あり。

業務用の古い機械を修理したいとかリプレースしたいという話はたびたび聞きますね。
制御用だとほとんどソフトウェアがオーダーメイドですし、機種依存な実装も珍しくありませんから専門家でも手を焼くことが多いです。
結局の所、現物を見てみないことには、掲示板でのやりとりだけではなんとも言えないというのが正直なところです。

もう少し詳しい状況を書いてください。傷が付くのはどちら側のドライブですか？
パソコンはどんな場所に置いてますか？

機械の代替はありますので、それほど深刻な問題でもないのですが、PC-98の命が果てるまで使ってやろうと思っております。
すでに本体はバッテリー切れで、電源落ちるとメモリースイッチ初期化しなければ立ち上がらず、モニター（デジタルRGB）もぼやけた状態。
いつまで使えるかな〜。
FDDは外付けでFANは付いておらず、ほこりの吸い込みはほとんど無いです。
分解したときもほこりは溜まっていませんでした。
傷が付くのは書き込みの多いB側で、半年ほど前にAとBを入れ替えています。
しばらくは良かったのですが、最近また傷つくようになり、FDのメーカーを変えてみたところです。
FDメーカーによって摩擦の大小があるようです。

PC-9801Eですか、凄い、まだ現役で動いてるのですか。
初めて買ったPCが、PC-9801F2なのですが、同時に発売されたのですよね。
一応、保管してあるのですが、起動してくれるかな？

>PC-9801からDOS/V機へデータを移動させるのに使用しております。
と言うのですから、OSはMS-DOSですよね？

Eでしたら、Ｃバスがたくさんありますから、55か92のSCSIボードをさせば、MOが使えると思いますが。
そのようなSCSIボードなら、家に数枚転がってます。

うちは初めて買った98シリーズがEでした。懐かしいです。
Cバスに色々増設して、最後はスロット不足に悩まされました。
引っ越しの時にシステム一式丸ごと廃棄してしまったので今は確認できませんが、SCSIボードを増設してBASICからもDOSからもHDDやMO、CD-ROMなどが使えていたように記憶しています。
MOが使えれば、基本的に非接触ですからヘッドが摩耗することはないと思うんですが、あとはソフト側の問題になってきますね。

バックアップは、Eは電池ではなくキャパシタだったような気もするんですが、ちょっと記憶があやふやです。

最初ATのほうのFDDがおかしいという風にも見えたのですが98用が駄目なんですね。

（55でしたっけ？ベンダー名NECの3文字が頭に帰ってこないと駄目な奴）
うちにもC-バスSCSI転がってはいるのですが、テクサ（だっけ？）とかのHDDのおまけ（おまけなのか？）と自社MOにも対応していない目留子のしか余っていないですね。（もっとあったのですがあげてしまった）
家に探せばグロリア3．5インチ外付（ダブルのもの）なら使わないのがありますけど。ただし、古い方の厚いドライブです。やはり2番目のドライブが調子悪いかもしれません。FDが引っかかって入らない場合があったかも
（ノーブランド品など：工作精度の問題kもしれませんがはじめは入っていた、同じ理由で一度交換）

デジタルRGBモニタのほうが大変そう・・・

>デジタルRGBモニタのほうが大変そう・・・
そんな時のために、PowerWindow805を確保してあります
#31KHz出力無しマシンが、31kHzモニター出力マシンに早変わりします

PC-9801Eなら記憶装置類はすべて外付けですから
備品として割高ですが中古ショップで交換用FDユニットの良品をねらうのが順当と思います
#オーダーソフトでも外付けユニットまでには文句いわんと思いますが
#それともコピープロテクト等が関係しているのかな？
#友人使用の患畜カルテソフトに結構きついプロテクトがあった記憶が

デジタルRGBは出力がTTLレベルなだけですから変換回路を経由してアナログRGBの出力レベル(0.7Vp-p)に合わせてやれば済みます。具体例はこちら。
http://www.h2.dion.ne.jp/~craze/X1/x1rgb2.htm
ただ危険は伴いますが、デジタルRGBモニタはフォーカス調整で直りそうな気が…。

Ｅもバックアップ電池だった記憶が…。
デジタルディスプレィは、色毎にピントが合わなくなってきているようでしたら、エミ減の可能性が高いです。もうこうなると時間の問題。
問題は８０８６の５ＭＨｚなんていう世界ですから外付けの機器はインテリジェントでないと負荷率が高すぎてつらいことになります。
#Ｆで散々な目に会いました。

>そんな時のために、PowerWindow805を確保してあります
>#31KHz出力無しマシンが、31kHzモニター出力マシンに早変わりします
DOSでですか？ 何らかのドライバを組み込むんでしょうか。

すれ主の人がまだお読みでしたら（＾＿＾；；）
９８０１の1Mインタフェースに接がる外付け５インチユニットが余ってます。必要なら進呈します。
#内蔵の1M５インチはE,Fでは動かなかったような記憶