たぶん私が同じような環境です。
UA30をUSBハブで使ってませんか？USB1.1では帯域が狭いので転送が追いつかなくなることがあります。直接マシンにつなぎましょう。
よく言われることですが常駐ソフトはスクリーンセーバー、省資源設定を含めて止めましょう。
Auditon 自体は良くできたソフトで（まぁ元Cooleditですが）win98、セレロン450MHz程度で問題を生じたことはありませんでした。
後は、デフラグをやっておくことぐらいでしょうか？WAVで連続して書き出していますのでとびとびになっていると間に合わないことが起こります。
#純粋にアナログから録音するならISAになってしまいますがSB64GOLDのアナログ入力の方が豊かな音場です。UA30はちょっと堅かったので手放し、いまだにISAの母板使ってます。

他の録音時の負荷の小さそうなソフトで録音してみた時はどうなるんでしょうか？　あと、同じソフトで非USBな音源で録音するとどうなるかなど。
もっと高速なPCにしたら飛ばなくなるかもなんて答えもあるかもですが、今の環境でも、少しずつ条件を変えて試して、ハードウェア側の問題かソフト側の問題か原因と思われそうな場所を狭めていくことができるんじゃないかと思います。

これもありがちですが、どうも録音中にリアルタイムに波形やら出す機能を
平気でONにする人が結構多いですね。
GAが内臓とか古くて遅いのとかだと描画にかまけて音を取りこぼします。
OSが（汗

なのでその手の機能はOFFにしておいて、全てはローカルにデータを置いてから
って感じで使うと良いんじゃないかと。

USB Audio にリアルタイム処理は求められないのが窓の現状ですかね。

#これは 2K/XP がかなりマシな部類なのでドライバを変えない限り
#変わらないんじゃないかなーとか

メモリーも出来るだけ積んでいるほうが良いみたいです。256MBは必要です。ＴＥＭＰで吐き出す領域も指定できるはずですがその部分もデフラグした領域が望ましいです。
一度ＯＳで仮想記憶（ページング領域）を増やしてやって再起動してデフラグしてそれからやって見ては？

あと、他に考えられるのは他のUSBデバイスの影響とか。
マウスを動かすとノイズが入るとか、そういう類ですね。

ところで、まさかとは思いますが保存先をUSBの外付けHDDにしているとか、そんなことはないですよね。