＞きちんと研究員と雇用契約で明確にして
社内発明に関する規定はどこの企業でも存在すると思います。
普通の企業側の言い分は、１）勤務の一環としての発明で、２）それは社内規定に盛り込んであり、３）高額な費用のかかる研究環境を企業が用意し、４）その環境がなければ発明は成し得なかった。だから対価は適切に支払われている。というものだと思います。
ぶっちゃけて言うと、会社のもうけに対して個人の取り分が少ないからもっとよこせと。社内の発明規定は不公平だよと。それに対して企業は、あんたはその社内規定を了承済みでしょと。会社の設備がなけりゃあんたはその発明はできなかったでしょと。だから報酬は規定通りにもう支払ってるよと。
ということだと解釈してますが。

発明に必要なハードウェア(施設、装置)とソフトウェア(アイデア、ひらめき)のどちらに価値があるか、ということではないでしょうか。
まずハードウェアありきと考えてしまうのは、ある意味当然というか仕方のないことで、これは人間の認識とか知覚の問題でもあるんです。
それに、ソフトウェアの値段を決めるのはとても難しくて、ある意味未知の領域ですから、こればっかりは経験を積み重ねてこれからルールを作っていくしかありません。
そのルール (相場) が決まるまでは、こういう裁判がいくつも続くでしょう。