>自分のPCはショップオリジナルで、最初はCDを読む時のケースのビビリ音が気になって制振シート（黒いゴムのような物）を貼りました。
>これが結構良くって、ケースの内側全面に貼りました・・・
>その後は音も気になり出し、同じメーカーの防音シートも全面に・・・
>ケースはどっしり重くなり、振動は皆無で音も電源ファン（換装済）の音が少しきになるだけになりました。

このことで確かに放熱量は落ちます。特にアルミケースの場合は…。
普通は鉄板塗装か、ボンデ鋼板なので無垢の鉄板より伝熱特性は悪くなっています。
温度差が、最初の時どれぐらいあったかですが、手で触ってわからないレベルだったとしたら無視できる量（全体の10%ぐらい）です。
大半は強制空冷の通風で持ち去っています。

今更投資しろというもあれですが、簡単な温度計を購入して計ってみることです。
一昔前のCPUチップに貼り付けるような温度計がうまくすれば1000円ぐらいで入手できます。通常価格でも2000円ぐらいですが、これを使って入り口と出口の空気の温度を測ります。
目安ですが10度上昇ぐらいならうまくいってます。20度上昇だとちょっとやばいです。

>ケースファンは8cm×2（前後）、CPUはAthlon2400+、HDは120G+80Gでいずれも7200rpm、電源は430WでFAN2個、VGAはRadeon9000（ファンレス）です
すごいFANリッチな環境と思います。普通ならこれで充分通風して冷却出来ます。
現物を見てないのでなんともですが、温度を測れば自ずから答えが出ます。電源部は自前の発熱があるのと、もともと高温には耐える部品が多い（電解コンデンサだけは弱い）ので20℃上昇まではなんとかOkです。

>因みに電源FANの音も少し気になり後ろに付けるカバーのような物も付けちゃいました
これも２種類あるようで、ファンの通路をじゃましないものと、ふわふわで通路を20%ぐらい塞ぐものがあります。
塞ぐ方は気をつけたほうが良いと思います。使用前、使用後をぜひ計ってみてください。
私は鉛シートを使ってます。ゴムよりは伝熱が良いのと薄くても同じ効果が期待できるので筺体内の隙間を塞ぎにくいのでFANの強化が少なくて済みます。
モータがついているものにベタと貼るだけでも静かになるので、DVD-ROMドライブとかに貼り付けてます。

BVV5さんこんばんわ

ケースは普通の鉄板塗装です
＞温度計がうまくすれば1000円ぐらいで入手できます
　ここまで来たら1000円位は大したもんでないですね。
　温度を測るのは考えていなかったので、温度計が手に入れば是非試してみます。
　
ＦＡＮのカバーは通路は塞がないタイプですが、値段程の効果は・・・でした

ケースは多分、大した物ではなさそうでしたがお金をかけた分愛着は出ています
今でも、制音シートや防音シートを見かけると「おっ！」と止まってしまいますねぇ

星野のアルミケースを1台使ってますがケース自体の放熱というのは無視していいと思いますよ
売るためのセールストークみたいな物で実際にはあまり役に立ちません

強制空冷ですが空気の流れと吸入量＆排出量のバランスに注意して下さい
基本は冷たい空気を前方下から取り入れて後方上部の電源付近から排出します
排出側のFANが強すぎるとCD・DVD・FDあたりから吸入して結果埃まみれでトラブルの元です

いくら風を通しても肝心のCPU・GAあたりに流れないとこれまた効果半減ですのでご注意下さい＾＾

>排出側のFANが強すぎるとCD・DVD・FDあたりから吸入して結果埃まみれ
余りの爆音に、フロント吸気の9cmファン(約48CFM)止めて、
排気の12cm(約70CFM)と9cm(約48CFM)＋電源のツインファン回してたら、大変なことになってたことが・・・。
今は、吸気12cm(約65CFM)で、排気12cm(49CFM)と9cm(49CFM)＋電源ツインファンで多少バランス取ってみたものの、吸気12cmと排気9cmをファンコンで低回転にしてしまったので無意味かも。

>いくら風を通しても肝心のCPU・GAあたりに流れないと
昨晩いろいろ弄ったら、フラットケーブルが9本(IDE:7+U160:1+FDD:1)にもなってしまい、ケースの前後を完全に遮断中・・・。

小型のCPU温度計はあちこち計れますので仕掛けて見てください。
家庭で使っているパソコンは定期的に内部の埃取りをしたほうが良いです。
FANのベアリング部分の油はほんの少ししか入っていませんのでできれば排気では無く吸気で使った方が長持ちします。また、衝撃には大変弱く、堅い床の50cmの高さから単品で落とすとだめになります。
ほとんどの人は気がつかずに使っているようですが、HDD以上に神経質なのがFANです。

皆さんありがとうございます。

バランスはあまり意識していなかったです。
とりあえず「静音」とかいてあったのを2個つけてました・・・
内部の掃除は心がけたいとこですが、例のシートでどっしり重くなり大変だったりします
内部はスマートケーブルを使ってますが、結構グチャグチャしてますねー
住んでるとこが札幌なのでこれからの季節は心配してないですが
冷えすぎたりして・・・

来週末に東京出張で少し時間が取れるので秋葉原を散策して温度計を探してみます

皆さんのアドバイスで少し安心しましたが、ファンの設置にしても奥が深い！