DMAモードになってるか確認。プライマリーセカンダリーの確認。
あとWIN98でワンパーテーション120Gで運用するのはちと無理がかかりそうです。60G、2つに割れませんかねー。うちはなんか文字化けしたことがありました。

Win98ってのがそもそも危険のような。
32GオーバーならWin2000の方が無難だとおもいます・・・

Win98でHDDが遅いのはDMA関係だと思います。
DMAのドライバはちゃんと入れてありますか？Intelのサイトから最新版を落として入れましょう。
また、ドライブのプロパティでDMAにチェックは入ってますか？

HDDの個体不良やケーブル不良などは、診断ツールで切り分けられます。
それでも異常が見つからないなら、転送モード上限をHDD側でUDMA66に下げてみるとか。
その種の作業に必要な物はこちら↓
http://support.wdc.com/download/index.asp

確かにDMA未確認（記事修正：下記の通りそもそも項目がなかったです。IAAでは「UDMA-5」になってました）でしたが、全体的に遅いわけではないんですよ。
CHKDSKなんかをかけると判るのですが、使用領域の中央くらいに極端に遅くなる部分が存在して、それ以外はREAD/WRITEは47K（HDBENCH調べ）程度行くんです。
この現象が「？」なわけでして…。
ドライバはWin98最新のIAA2.3をintelから落として適用済みです。
（因みにこいつを入れるとドライバのプロパティからはDMAのチェックボックスが消える）

とりあえずほへさんのアドバイスにあるツール使って切り分けの作業をやってみます。

代替領域でしょうかね。
ドライブ全域に渡ってベンチマークを行うソフトがどこかにあったはずですが。

WDのツールですがWin上からもDOSからも「黒バックに青い四角の画面が出て固まる」や「素通りでプロンプトに帰ってくる」でどうにも起動しなかったので（自分がへたれなのか…）そっちの方向は早々にあきらめてパーティションを切って色々やってみました。
半分（1領域64GB以下）に分割しても重くなる部分が存在したので半分諦めモードです。
intelのIAAのサイトには「WDの137GBオーバーのドライブで不具合が出るけど2.3で直したよー」と書かれていることからWDのドライブには何らかの癖があるのかなぁと思い無理やり納得することにしました。
#因みに今使ってるのはIC35L060 AVV207-0です。
外付けケースにでも収めてUSB2.0で使うか、引き取り手を探してみることにしようかと思ってます。
レス下さった皆様ありがとうございました。

#おとなしく現行の同型かMaxtor当りでもう一回攻めてみようかと思ってます。
#これでだめだった場合は…OSの移行かなぁ…（財布にキビシーッ！（by財津一郎））

うちもIC35L060 AVV207-0です。
>>使用領域の中央極端に遅くなる部分
いやこれは気づきませんでした。もしかしたらほかのOSでもなるかもしれませんね。
あと上のプライマリー、セカンダリーはマスター、スレイブのまちがいでした。（何を今更（汗））

＞使用領域の中央極端に遅くなる部分
この症状をだすのは、WesternDigitalのWD1200JBなんですよね？
IC35L060 AVV207-0は型番からして６０Ｇな筈…どちらにせよ３２ＧオーバーなＨＤを窓９８ＳＥで運用するのですからリスク覚悟で行かないとですね(^^;)
当方なら４Ｇ(システム領域)＋２８Ｇ(その他)＋残りといった区画分けで逃げるかも…場所の特定目的なら８Ｇで１５区画に分けて検証しますね きっと＞ゴミ失礼

そうです、機嫌が悪いのはWD1200JBです。
文章の組み立てが不味かったせいで誤解を…申し訳ない。

これまでIBMの40と60、Maxtorで40を2つ使ってきて初めてこんな状況にみまわれたので少々面食らってます。
Windows98の容量制限とかで検索かけると2TBとかでてましたので（IDEの仕様とかBigDriveとかも引っかかった）OS的には大丈夫だと思うのですけど、32GBの制限はどのへんの制限でしょうか？
#まあ、確かに大丈夫だと言われていることもなんかこだわりを持って回避してるのとか、自分にもありますけどね。（＾＾；
#でも最近は「こだわり」が「面倒くさい」に排除され…
#「面倒くさい」の勢力は圧倒的でありますっ！

またまた寝ぼけててなんかとんでもない勘違いを・・・
文章ちゃんと読んでませんね
うちのはDeskstar 180GXP IC35L120AVV207-0 (120GB)
でした。60を見落としてしまった・・・。

Win98SE で使っているシステムが入ったHDD
ICL35L120 AVV207-0(80GB)
C drive Fat32 31.9G
D drive Fat32 44.6G
こんな構成ですが、特に不具合というのは感じません。特に代替セクタも振られてないようです。

＞32GBの制限はどのへんの制限でしょうか？
当方の環境がPC-9821シリーズに拘っている為 互換機とは異なるかもしれませんが元ネタは挑戦者サイトのUIDE-133/98-A(ttp://supertank.iodata.jp/products/uide13398a/)に書かれている
｜・FAT32フォーマットには、大容量でも動作するフォーマッタソフトが別途必要です。(*2)
｜・Windows98環境において、scandisk(GUI)・defragは、動作いたしません。
｜(*2)弊社確認済みフォーマッタソフト：FORMATX (まりも様制作フリーソフト)
を窓９８ＳＥの３２Ｇ制限(?)と捉えております。
あと、個人的主観ですが"BootDriveは あまり大きく取らない方が良い"というのも実体験から気をつけている点もあります＞ゴミだったかな

これはＰＣ９８のＤＩＳＫＢＩＯＳ及び９８用ＷＩＮ９８のＦＤＩＳＫ等が最後までＣＨＳアクセスで３２ＧＢに制限されて作られていることに起因する説明でしょう。
ＡＴ互換機なら６４ＧＢの壁に対応したＦＤＩＳＫもＭＳから配布されていますし、そもそも８．４ＧＢ以上のドライブではＣＨＳアクセスなんぞしていないので無関係だと思います。

とりあえず後日談を。
HDDを日立のIC35L120 AVV207-1に変えてやってみました。
一発でスムーズに行きました。（なんだかなぁ…）
この先熱物に懲りてなますを吹いてみようかと思います。WDはもう買わん。

＞32Gうんぬん
なるほどなるほど。
PC-9821の方だと32Gに押さえた方が良いみたいですね。

これ初期不良といってもよいので購入した店に持っていっては？
異音がする、アクセスが 部分的に（ここ重要）異常に遅くなる、などは不良として認めてもらえます。