東京のカプセルホテルは高いヨー。
むしろ、ちゃんとしたビジネスホテルがお奨めです。
セキュリティの心配や、サービスの問題もあるしね。

場所的には夢の島よりも、品川、新橋、浜松町辺りが良いと思います。
カプセルでも同じ。

お値段優先ならビジネスホテルでもホテル浦島(会場送迎バスあり)が吉。

起き抜けに眼下に広がる１０万のＯＴＫが一望できる有明ワシントンホテルは、安いんですが、１年前からコミケ準備会が押さえているので(全室)、予約はムリです。
あそこに止まりたいならコミケ準備会が本契約した直後か、ドタキャン狙いで前日予約とかが必要です。

交通に関してはあまり詳しくないんですが、会場行きに限れば「タクシーナンパ」が便利です（ぉ

東京のカプセルは一声４０００円はします…その割にはぱっとしない、制約が厳しいなどお勧めではないです。
最近東京臨海高速線が、天王洲までのびましたので、品川近辺宿泊という方法もあります。
あまり公表したくないですが（￣∇￣;）　五反田の簡保の宿が６０００円強で安いビジネスホテルです。
後、蒲田近辺も安いビジネスホテルがあります。
東急系などいくつかありますので、「ビジネスホテル」、「東京」をキーにして検索してみて下さい。

会場までの交通機関についてはりんかい線（旧名臨海副都心線）が便利です。この路線の国際展示場駅で降りれば、目の前は西ホールの行列です。東京駅からだと、京葉線＞新木場駅下車＞りんかい線新木場駅乗車＞国際展示場下車、といった感じです。
上で述べられている「タクシーナンパ」(笑)は東京駅八重洲南口でタクシーを捕まえるわけですが、やり方としては「それっぽい」人に「これから会場に向かうんですか？よかったら割り勘で一緒に行きませんか？」といった風に声をかけ、相手が承諾すれば交渉成立となります。この手段を使えば交通費は電車を使う場合と比べて多少高くなりますが、始電など鉄道ダイヤの時間を気にせずに会場に行けるという利点があります。運賃は時間やタクシーの運転手の通るルートにもよりますが大体東京駅から３０００円くらいでしょうか。欠点は「それっぽい」感じの人かと思って声をかけたら実は違っていて恥をかいたりすることでしょうか(笑)
「それっぽい人」の判断はいろいろありますが、コミケ紙袋を持っている人や、カタログをめくってるような人がいればそれはほぼ間違いありません。後は会話内容などでしょうかねえ。このあたりは経験かも。
初めてという人には電車での来場がお勧めですかね。タクシーナンパは慣れた人に。

深緑。様 BVV5様　９８様 ご回答ありがとうございます。
是非参考にさせて頂きます。

また、コミケについての注意点等があれば教えていただきたいのですが。

取り敢えずはコミケ公式ページを見てみてください。
主催者側からの注意事項は書かれています。
また、細かいところはコミケのカタログを購入されたときに、
漫画入りで注意書きがされていますので、それらも参考にして下さい。
下記参照。

http://www.comiket.co.jp/

さて、スペース取れてるかな。登録の確認通知はきたけど。

原稿書きがぁ、仕事とバッティングしてるぅ。
困っちゃいますぅぅぅ。（パタ・・・停止・・・ピポ・・・パタ

コミケ参加が初めてなら、初日は午後1時か2時頃に会場入りして、だいたいの雰囲気をつかむところから始めましょう。
会場はとても広いですし、ビッグサイトという建物自体が同じような構造体の連続でちょっと迷いやすいです。おまけに何万人もの人ごみと行列。
早朝からの参加にはそれなりの経験値が必要です。

りんかい線ですが、開通当初はともかく、最近は慣れて来たようで対イベント用の時刻表を編成して運行しています。
コミケにいたっては、各日ごとに時刻表が違うという研究のしようです（笑
夏コミの時には天王洲アイル発の始発電車を従来より早くするという事までしましたが、
天王洲アイル駅まで行くために使う、肝心なモノレールがその時間にまだ動いていないという、なかなかナイスなボケをかましてくれていました（笑

りんかい線は前日から前売り切符を販売してくれますので、先に購入しておくのをオススメします。
ついでに前日設営も（笑
JTBでもりんかい線前売り切符を販売していますが、これだと自動改札が通れないので少し不便です。

＞有明ワシントンホテル
２９日と、ついでに３０日の予約がとれた私は「逝って良し！」ですか？（ぉ
ちなみに１０月に入ってから予約しましたが・・・

＞ぱおさん
　交通手段のことも、お忘れなく。夜行バスだと、席取り合戦に
なるかもです。

夏に一般参加した時の様子では、りんかい線〜天王洲アイル〜モノレールのコースは結構すいてました。ただ、天王洲アイルでの乗り換えは少し間違うと大回りするはめに遭いますが…。
なお、行き帰りの夜行快速列車（「ムーンライトながら」等）の指定席はかなりのプラチナチケットになってしまいます（18きっぷ組が多いので）。ご検討でしたら、旅行会社等に相談してみるのも良いかと。