今回ターゲットとしているのは、区間変更の中でもいわゆる「方変」という類のものです。
A駅からB駅までの切符を買い、乗車後に実際はC駅まで行ったとします。（A、B、C駅は単一経路上にないものとします。単一経路上にあれば乗り越しあるいは途中下車です）
この場合、A駅からB駅までの経路と、A駅からC駅までの経路が分岐する駅があるものとし、そこをD駅とします。
A駅からB駅まで100kmを越えていれば、精算金額は、【D駅〜C駅の運賃】-【D駅〜B駅の運賃】になります。
（マイナスの場合もちろん差額は戻りません）
【A駅〜C駅の運賃】-【A駅〜B駅の運賃】ではありません。ここが目の付け所です。

さて、前振りが長くなりましたが、精算金額が0円であるような区間変更を実行したとします。ここで、【A駅〜B駅の運賃】が【A駅〜C駅の運賃】より安ければ、結果として【A駅〜B駅の運賃】でC駅まで行けることになります。
探しているのは、出発駅A駅と到着駅C駅を入力すると、運賃がもっとも安くなるようなB駅およびD駅を教えてくれるソフトなのですが…

参考資料： http://www.swa.gr.jp/fare/kuhen.html

うん？駅スパートの「運賃の分割計算」ではなくてですか？
あぁこれだとD駅は出るけど　B駅は出ませんね。

B駅というのはC駅に行った場合結果的に「指定しない駅」になりますよね？
「A駅〜C駅の運賃で行ける距離を算出する」んーと　たとえば　￥１，０００でいける距離（駅）を出すソフトって事なのかなぁ？


ところで
>結果として【A駅〜B駅の運賃】でC駅まで行けることになります
これって「初乗り運賃で　山手線１周」になりません？

あ、初乗り運賃で　山手線１周」は、
>A、B、C駅は単一経路上にないものとします
だから当てはまらないのか

う〜ん、分割購入はデフォなのでよくやっておりますが、区間変更（方向）は
やったことがないですねぇ。
分岐Ｄ駅というのは、Ａ−Ｂ間の分岐駅数しかなく、それに対してＣ駅の数の
距離範囲は自ずと限られるので、検索する場合の数は、通常の分割購入より少ない
ことも多いのですから（これはＡＢ間の駅数とおりある）、実装しておいてもよい
検索機能だと思いますね。
私は、逆に、少し先まで買って割り引くという手法を使うことがあります。
東京から大阪は、550km程度なのですが、東京郊外の実際の目的地までを、
最短ではない経路で買うと、600kmに達して、往復割引が効くようになると
いうものです。

方向変更を実際に行った場合、確認の計算のために、精算窓口で長時間待たされる場合もあるので、タイトな計画で旅行する場合は注意した方がいいですよ。
最悪のケースを想定して、一回の精算で15〜20分程度の余裕を見ておきましょう。
とくに最近は、距離と運賃の確認の前に、旅客営業規則の確認から始める駅員さんがけっこういますから。

あ、参考のリンク先にも注意点として書いてありましたね。
さらに書いておくと、この手の変更は、制度上は車内でも可能になっていますが、実際に車内で方向変更の扱いを受けるのは事実上不可能だと思ってください。

・・・よく読んだら　まったくの勘違いのようです
私のは　無視してください(^^;

とりあえず予定しているのは高知-福山間ですが、以下の組み合わせはなんとか自力で発見できました。
たった100円じゃ、瀬戸大橋の加算運賃だけですね…（爆

【A駅】高知【B駅】伊予桜井【C駅】福山【D駅】多度津
高知-伊予桜井間\4,030、高知-福山間\4,130、多度津-福山間=多度津-伊予桜井間\2,030

＃伊予三芳-伊予桜井間、長すぎ（7.6km）

> 一回の精算で15〜20分程度の余裕を見ておきましょう。
ありがとうございます、参考になります。
ところで、着駅or車内以外で精算できますでしょうか？
上記の場合、岡山駅で精算可能ならば結構楽な気が。

途中駅でも変更は可能です。時刻表にちゃんと書いてあります。もっと勉強しましょう。
岡山なら新幹線改札の脇にきっぷ売り場があります。が、前述の通り長時間に渡って窓口を独占してしまうので、できれば一旦中央口から外に出てみどりの窓口へ行った方がいいでしょう。他の乗客や駅員に迷惑をかけてはいけません。

ちょっと確認しておきますが、高知-福山の営業キロは237.6kmですよね？
だとすると、原理的に得する組み合わせを見つけるのは、かなり困難ですね。
目的地までの営業キロが101〜600キロまでの場合、キロ程を20で割った余りが大きいほど、得する組み合わせを見つけるのが困難になるからです。その理由は時刻表をよく読めばわかります。
237.6を20で割った余りは17.6ですから、難易度はかなり高いでしょう。

一応自宅から書き込むときは時刻表とにらめっこしてます（笑
さて、確かに、高知-福山間はコストパフォーマンスが高い距離ではあります。よく見たら、例の参考資料の、東京-浜松間よりさらにぎりぎりまで使ってますね。＃先に気づけよ＞俺…

悪あがきに、他のパターンも計算してみた結果。
>【B駅】徳島【D駅】宇多津：
>高知-徳島間\4,030、宇多津-徳島間\2,030、宇多津-福山間\2,020 ☆100円の得
>【B駅】木太町【D駅】佃：
>高知-木太町間\4,030、佃-木太町間\2,660、佃-高知間\2,750(要精算\90) ☆10円の得
となりました（D駅が岡山、倉敷の場合は得するパターンが存在せず）

\100かぁ、生醤油な讃岐うどんなら1杯食べられますが…
やっぱ連れを説得して、南風をあきらめて青春18きっぷにします（核爆

>高知-福山間
そうそう　忘れるところだった（笑）
この区間は　普通に分割購入をしても100円下がるようです（1回目の分割で90円　2回目の分割で10円　合計100円）

＃ソフトは駅スパートです

>（D駅が岡山、倉敷の場合は得するパターンが存在せず）
これは計算するまでもないですね。
今回のケースでは、得する乗変パターンが発生するのは、D駅から目的地までの営業キロが100キロを超え (100.1キロ以上) なくてはならないからです。
ですから、まずは目的地の福山側から見て、営業キロが100.1キロ以上の地点にある分岐駅を探さなくてはなりません。すると、自動的に岡山、倉敷は除外されてしまいますから、D駅の候補は自動的に絞られてきます。
ちなみに、宇多津や多度津をD駅とした場合に100円得するのは、単に「瀬戸大橋を渡らない」からであって、距離運賃制度の隙をついているわけではありません。