塗る　と言うよりは接触面中央に米粒大のシリコングリスを押してヒートシンクで押しつぶす様にするのがよいと思います。
こうすると接触面全体において空気が入ることがありません
米粒大の量は何度もトライして大体の量がつかめると思います
外してみたときに接触面全体に薄く均一に広がる程度　の量です。
PenPROなどの非常に広い接触面の場合は私はコアとL2それぞれの位置において押しつぶしています。

薄いへら状のもので延ばします。元々、双方の表面の凸凹をならす程度の量で良いのであまりベッタリでは逆にグリスが熱抵抗になります。
工業的にはゴムローラでべちゃっと転写出来る量が適正とされているところもあります。
放熱板がそりか選っているのをグリスで埋めるというのはＮＧです。
へらがなければナイフの刃で薄く延ばしても可です。

テレホンカード(死語？）でも上手く出来ますよ。

お古のCPUに付いていたのとファンに残っていたのをファンにくっつけて、
新しいCPUにグリグリってやって使ってます。
ヤバいかなって思ったけど、動いてるからいいかなって(汗)

私もテレフォンカード派です。
ちゃんとシリコングリス用の「使いきったテレフォンカード」を持っています。

Zalmantechで提供されている「How to Install」のムービーではヘラで均一にのばしてから塗るようにと指導されていました。
http://www.zalman.co.kr/english/product/productall/install5000.htm

シリコングリスは熱伝達係数が限りなく零に近いので
出来るだけ薄く、均一に・・・。
熱伝導グリスとは言いつつ、熱伝達係数がほぼ零に近い商品が
信用されているのが不思議に思う・・・かな。
極めて薄くほぼ金属と金属が接触する（不純物が仲介していない）状態を
作り出すことが出来れば、普通のシリコングリスを使った方が良くなったりしますね。

昔ほぼ完全に鏡面加工を施したヒートシンク＆CPUのサーマルプレートに
微量のシリコングリスをつけのばしたら見事に取れなくなったことも..

上でも書かれているようにちょうど真ん中に山を盛る程度にちょこっとつけて
圧縮して均一にのばす方が良いです、ヘラで延ばすにしても
気泡が入ってしまっては伝達係数は一気に急降下してしまいますから

ふと考えるとFCPGAとかとSlotだとまた違いそうですね(^^;;
私は何かあまっていたプラスチックの板みたいなので塗った記憶があるのですが意外と正しかったのかも(爆)

そう言えば数年前にインジウムで半田付けする方が居た様な。

熱伝導用コンパウンドについては、
第一に空気を追い出し、基材を侵さずに、熱接合面に容易に広がり、液ダレも起こしにくくて、
コンパウンド自体（溶質溶媒共に）が熱で変質しにくい物が最高と思います。

私の使い方自体は「Delta_T」さんと「yosh」さんと同じ方法です、でも会社では「駄目」と言われるんですよね。