元のCPUクーラのファン配線を参考に
同じ色のケーブルを無理矢理繋ぐとおそらく利用できますよ。
２pinマザーボード側の端子からは12Vが供給されています
一般的なCPUクーラの３pinの内の内訳は　グランド／+12V／回転数検知　なので　回転数検知を無視してしまえば良いです。
色は一般的に　黒／赤／黄色　です。
実行される場合は破損されないよう(特に本体側)一応テスターなどで確認の上やってください。

最近はやってませんが、以前よくコネクタ改造しました。

Delta_Tさんの言われている通りですが、多少手を加えるだけでうまく行くはずです。
ピンの順番を入れ替えるには、つまようじなどで横から引っ掛けの部分を押してやると簡単に抜けますので、穴を入れ替えればOKです。最後に裏に出ている2つの出っ張りをカッターで削って、ちゃんとマザー側のコネクタに刺さるようにしてやれば、変換コネクタなど無しでうまく行ったような記憶があります。自己責任でね。

大体の場合だと
赤・・・(+)、黒・・・(GND)、黄・・・(SENSOR)
になっているので、赤と黒につないでおけばOKなのですが
この際黄色の方はFANの種類にもよりますが、オープンにしておいてくださいね

ファンによっては12VからのパルスをSENSORに渡しているものがあったので
これだと短絡状態が連続で起きるため危険です

>つまようじなどで横から引っ掛けの部分を押してやると簡単に抜けます
先月のWinPCでこのやり方の記事が載っていたのでやり方はわかりました！

>一応テスターなどで確認の上
しかしテスター持ってないんですよ。

やっぱり分岐ケーブルが安全のようです。と思ったのですが
先日日本橋に行ったときにツクモがオープンしていて
Socket７用のFANのない(要らない？)ヒートシンクというのがありまして
静音というのにもひかれるんですよねぇ。

でも本当に冷えるのか不安でどの方法がいいか模索中です…。

>しかしテスター持ってないんですよ。
ホームセンター等で1000円前後で売ってますよ、探せばdB換算表と電池チェック機能付きの廉価な物も有る筈です。
（dBsかdBmかは忘れてしまいましたが）