WAVE編集にはgoldwaveとTWEを使用しています。
TWEはYAMAHAのサイトからDL可能です。

wave編集にはSound Engine(http://soundengine.lunanet.gr.jp/)を使ってます〜。
フリーソフト(カンパウェア)で、なかなかよろしいです。

#アナログはリッピングって言わないで素直にレコーディングと言ったような気がするのはどうでも良いことですが。

無音部分削っていきなり音声が入ればプチノイズになるのは当たり前って気がします。
むしろ再生する機器の問題でしょう。
アナログ的な問題なのでそれなりのオーディオ機器でもないと（わざと）対策してないと思いますけど。

編集ソフトで出来るのはフェードインするくらいですか。

みなさんありがとうございます。
もちろん、導入部は、0.5秒ぐらいの無音部をおいています。無音区間をつくってそれをたしてみたり、無音からフェードインをしてみたりやったのでがだめです。
このWAVファイルをMP3にしてもやはりプツッといいます。デジタル変換でプツッですから再生機の問題とは言い難いですし。
Sound Engineも試しましたがやはり同じようです。
44.1KHzサンプリングのきりのいいところを切らないと無理なんですかねぇ。

ものの本によりますと
ＭＰ３の作業過程の一つ。 アナログの音楽データをデジタルのデータとして コンピュータのハードディスクに録音する作業のこと。 この作業でＷＡＶＥファイルが作成される。
ということらしいです。コンピューターリテラシー2000年の用語集から。
たしかにほとんどはＣＤからの吸い上げ（それはそれで奥が深い）なんでしょうけど、レガシーなアナログ音源から音を吸い上げてWAVをつくるのも文化遺産を継承するには必要です。だって、レコード会社はほとんど廃盤にしてくれるし、たまにＣＤ化したらとんでもない音だったりします。'60の音づくりを知らないＤがフェーダーさわるとろくなことないです。
もちろん個人的使用の範囲内のライブラリですけど。
＃３０ＧのＨＤＤで足らなくなりそう…データだけで１８Gになってしまった(^^ゞ

自作の曲をアナログ経由で９８に録音後に上記のソフトで編集してますが、問題なくできています。
何処を切っても44.1kの切りが良いというか、レートに沿ってしか編集できないと思うのですが・・・

あれからもいろいろ悪戦苦闘。colleditのバージョンが上がっていたのでダウンロードしたら、えっ新規インストールしか無い。（−−）
高い料金払ったのに〜と相手にメール（四苦八苦の英作文）を出したらさすが正規ユーザー、ちゃんと鍵を再発行してくれました。ご丁寧になくさないようＦＤかＺＩＰ（ここが亜米利加）ディスクに保存しておけと忠告してくれました。これで改善されればいいのですが。
アナログ音源…ＷＡＶファイル…ＭＰ３圧縮　という行程で、もともとの音源は無音(-50dBぐらい）で始まっていて、それを再生するタイミングでプツッがでたりでなかったり。さらにそれをMP3エンコードでもでたりでなかったり。
デジタルになった部分を他のデジタルにする過程でそうなるのは？＜・・＞？状態です。
Gogo.dllの問題でもなさそうですし、全く異なるエンコードエンジンでも状況は同じ。いよいよ、サウンドボードが怪しいのでしょうか？
再生系は、お家のメインのオーディオにつないでますのでまず問題は無いと思います。ファイルではないがマニアと呼ばれる程度のものは揃ってますので。