Yahoo!のトップから→路線で検索すると…
運賃　片道　10,070円 （乗車券5,460円　特別料金4,610円）
と出ますが、恐らく座席指定だと思います。指定券は500円だったような、、、
＃鉄道旅行を最近していないので500円は古いかも

指定券は510円だったような。

自由席だと9,760円(乗車券5,460円　自由席券4,300円)デス。
310円が指定席分・・・。

通常期指定席は+510円ですね。
（実際は自由席=通常期指定席-510円、という見方のようですが。）
繁忙期はさらに+200円、閑散期は-200円です。

あ・・・安ぃんですね・・・指定席を買えばよかったかも(爆)

往復でお乗りなら割引きっぷを探して見られると良いですよ〜と言ってみるテスト（こら
＃もうお買いのようですが一応…

前は運賃と言えば乗車券のことだったんだけど、今は違うのかな、と思ったり。

鉄道ごとに用語の意味が違いますから難しいですね。
JRは運賃=乗車券(周遊きっぷも含む)、料金=その他の料金券(特急券、指定席券、寝台券など)、ですね。
乗り換え検索サイトの表示はけっこういいかげんです。

変わったわけではなかったんですね。