９８ではないんですが私のメーカー製ＰＣも夏場は底面がすごく厚くなります。
さらに今年は熱暴走も経験しました。

PC98では無いですが、自分が使ってるLibretto ff1100Vだと普通に使用している状態で、起動後30分以内に熱暴走させる自信があります。
頻繁に暴走して仕事がマトモに出来ない状態なので、何度窓から投げ捨ててやろうかと思ったことか･･･

そういえば僕のXa10/k8はCPUの熱暴走に気付かず
関係ないところをいじって昇天したんだっけ・・・（遠い目

ひょっとして、電源部を下にして設置されていらっしゃるのではないでしょうか？
縦置きされるときには、電源部は上に置かないと駄目ですよー。

みなさん、レスありがとうございます。

電源部を下にとおっしゃいますと、FD、CD部が上ということですか？
自分は、ちょうど、PCを横に90度横転させているのですが。
（位置的には確かに電源は下のほう）

多分それやると、電源もCPUも死にかけます。これからは涼しくなるのでいいですが、よくこの夏の猛暑をもちましたね。
空気は暖まると上に上がるのでそれを集めて排気しているのが、昨今のパソコンです。

Ap2にDX4 ODP(75MHz用)を載せていますとCPU付近全体が熱いです。その熱さは外側のカバーにまで伝わってCPU本体はぶっ壊れるのではと思うぐらいに熱いです。（何回か暴走しました。初めての体験に感動