それはできなかったと記憶しています。

私も、サウンドボードのアタリ端子はWindowsでは(DOS窓以外に)使用する手段は無かったと思います。

ただ、アタリパッドだけ流用する手段としては、今となっては入手困難かもしれませんが、
キーボードエミュレータのたぐいを入手するという手もあります。
# 出来合いの白いコントローラが繋がったものが有名ですが、
# そうではなく汎用のアタリ接続コントローラを繋ぐタイプもあります。
キーボードのキーをジョイスティックやボタンに割り当てて使用するものですので、
設定時にテキスト入力可能な環境さえあれば、OSに関係なく使用できます。
なお、あくまでキーボード端子にアタリパッドを繋ぐアダプタであり、
マウス端子に繋ぐアダプタ(PC-98DO/P-11)とは異なります。

ありがとうございます。
なるほど。キーボードエミュレータという物がありましたか。とても参考になりました。

余談ですが、参考までにFM TOWNSの場合はマウス兼ジョイスティックポートがアタリ仕様だそうで
こちらにはTOWNS版WINDOWSでOS標準でドライバがあるようです。
98やMSXのように音源チップのI/Oというわけでは無いにせよ、
ソフトから見ればI/Oアドレスが違うだけかと思うんですが……。

たぶん98でも技術的には可能なんでしょうけど本来WindowsはAT版がベースの移植ソフトでしかありませんから
AT互換機でアタリポートは特に聞かないですし、
マウスポート兼用のTOWNSのように特別な事情が無い限り、積極的に対応する余裕がなかったんでしょうかね。

TOWNSは使えるんですか。中古持っているんですがTOWNS版Windows95はもっていないんですよね。

95というか、Towns版はWindows 3.1ですでにパッドには標準対応していたようです。
Win3.1版「ぷよぷよ」には98/AT向けにサウンドブラスター規格のゲームポートのドライバが収録されているのですが、
取説によればTowns版Win3.1ではTownsパッドが標準でセットアップされているので追加ドライバは不要なのだそうです。